Institut Seni Indonesia Yogyakarta didirikan berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 39 tahun 1984 untuk melaksanakan pembangunan nasional pada umumnya dan memajukan pembangunan di bidang pendidikan dan kebudayaan, mengembangkan secara menyeluruh dan terpadu di berbagai bidang pendidikan dan kebudayaan termasuk pengembangan seni. Untuk meningkatkan hasil guna dan daya guna pengembangan pendidikan tinggi seni perlu adanya sistem pengolahan tunggal dalam penyelenggaraannya. Berhubung di Yogyakarta telah terdapat beberapa unsur yaitu Sekolah Tinggi Seni Rupa Indonesia “ASRI” (STSRI “ASRI”) yang berdiri tahun 1950, Akademi Musik Indonesia (AMI) berdiri tahun 1963, dan Akademi Seni Tari Indonesia (ASTI) Yogyakarta berdiri tahun 1963, maka dipandang perlu mendirikan Institut Seni Negeri di Yogyakarta dengan nama Institut Seni Indonesia Yogyakarta. Sesuai dengan ketentuan pasal 57 Peraturan Pemerintah nomor 5 Tahun 1980 jo pasal 18 ayat 2 Undang-undang Nomor 22 tahun 1981 pendirian institut tersebut perlu ditetapkan dengan keputusan presiden.

ISI Yogyakarta merupakan lembaga pendidikan tinggi seni yang menyelenggarakan kegiatan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat dengan mengedepankan pelestarian, pengelolaan, dan pengembangan potensi seni budaya. Ilmu pengetahuan, teknologi, dan seni, yang dikembangkan harus diabdikan kepada masyarakat, dan dimanfaatkan secara maksimal bagi pengembangan ilmu seni.

Fakultas Seni Media Rekam adalah fakultas termuda di ISI Yogyakarta yang didirikan sebagai lembaga pendidikan tinggi negeri yang diberikan wewenang untuk melaksanakan pendidikan strata satu Fotografi dan Televisi. FSMR ISI Yogyakarta dibentuk atas dasar Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 0373/0/1993 tanggal 21 Oktober 1993. Melalui surat keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan tersebut, FSMR ISI Yogyakarta mulai melaksanakan kegiatan belajar mengajar pada tahun akademik 1994/1995. Pada awalnya, proses pelaksanaan pengembangan pendirian dan pengajarannya didukung oleh beberapa dosen dan karyawan yang direkrut dari Fakultas Seni Rupa dan Fakultas Seni Pertunjukan yang kemudian menjadi dosen dan pegawai tetap Fakultas Seni Media Rekam ISI Yogyakarta. Program pendidikan sarjana Fakultas Seni Media Rekam saat ini menyelenggarakan tiga program studi yaitu S1 Fotografi, S1 Film dan Televisi, dan D3 Animasi.

Program studi D-3 Animasi ISI Yogyakarta merupakan program studi animasi pertama di Indonesia yang berdiri sendiri dan terpisah dari program studi Desain Komunikasi Visual. Program Studi Animasi didirikan pada tahun 2012 dan sejak tahun 2015 memperoleh akreditasi B dari BANPT. Program Studi Animasi dibentuk dengan aspek kemanfaatan mengembangkan sumber daya bangsa, baik manusia, alam, budaya, seni dan karakter lokal yang mendunia dan bercirikan ke-Indonesiaan. Hal ini terwujud dalam peran sertanya membangun sumber daya manusia yang kompeten dalam segi keahlian dan berkarakter. Bagi institusi, program studi animasi berperan sebagai sebuah pioner pendidikan tinggi di bidang animasi yang resmi, sekaligus perwujudan pendidikan seni yang multidisipliner. Sedangkan bagi masyarakat dan bangsa, program studi animasi memiliki peran sebagai penghasil lulusan setingkat ahli madya yang handal, inovatif dan memiliki keahlian animasi sesuai dengan kompetensi dunia kerja.

Berdasarkan surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi Nomor : 24/D/OT/2022 pada tanggal 4 Maret 2022 tentang izin penyelenggaraan Program Studi Animasi Program Sarjana Terapan pada Institut Seni Indonesia Yogyakarta. Program Studi Animasi, Fakultas Seni Media Rekam ISI Yogyakarta telah resmi menjadi Program Sarjana Terapan Animasi.

Akreditasi Program Studi Animasi berdasarkan SK LAM INFOKOM No. 148/SK/LAM-INFOKOM/Ak/STr/VIII/2024 Tanggal 14 Agustus 2024 adalah BAIK SEKALI dengan masa berlaku 14 Agustus 2024 sampai dengan 14 Agustus 2029.